Generación de cuestionarios Moodle con R + exams + Sweave

El paquete exams de R tiene como objetivo la generación automática de cuestionarios. Cada cuestionario se caracteriza por tener variantes –tantas como elija el equipo docente- que comparten un enunciado común pero disponen de diferentes datos. El código fuente se redacta en formato Sweave, es decir, una combinación de instrucciones LaTeX y código R mientras que el formato de salida incluye, entre otros, PDF, HTML y XML. El taller se centra en este último formato que permite de forma relativamente sencilla generar actividades para la plataforma de aprendizaje Moodle. En la sesión se practican los tres pasos necesarios para generar un quiz: 1) elaboración del código fuente, 2) obtención del fichero XML, 3) importación a Moodle y configuración del cuestionario. A partir de ejemplos de complejidad creciente se muestra la potencialidad de esta herramienta para implementar actividades on-line en un rango de asignaturas de estadística que abarca desde primer ciclo hasta máster

A dissimilarity based on relevant population features

In this paper a dissimilarity index between statistical populations is pro-posed without the hypothesis of a specific statistical model. We assume that the studied populations differ on some relevant features which are measured trough convenient parameters of interest. We assume also that we dispose of adequate estimators for these parameters. To measure the differences be-tween populations with respect the parameters of interest, we construct an index inspired on some properties of the information metric which are also presented. Additionally, we consider several examples and compare the ob-tained dissimilarity index with some other distances, like Mahalanobis or Siegel distances

Searching for differential expression: a non-parametric approach

Microarray experiments are being widely used in medical and biological research. The main features of these studies are the large number of variables (genes) involved and the low number of replicates (arrays). It seems clear that the most appropriate models, when looking for detecting differences in gene expression are those that exploit the most useful information to compensate for the lack of replicates. On the other hand, the control of the error in the decision process plays an important role for the high number of simultaneous statistical tests (one for each gene), so that concepts such as the false discovery rate (FDR) take a special importance. One of the alternatives for the analysis of the data in these experiments is based on the calculation of statistics derived from modifications of the classical methods used in this type of problems (moderated-t, B-statistic). Nonparametric techniques have been also proposed [B. Efron, R. Tibshirani, J.D. Storey, andV. Tusher, Empirical Bayes analysis of a microarray experiment, J. Amer. Stat. Assoc. 96 (2001), pp. 1151 1160; W. Pan, J. Lin, and C.T. Le, A mixture model approach to detecting differentially expressed genes with microarray data, Funct. Integr. Genomics 3 (2003), pp. 117 124], allowing the analysis without assuming any prior condition about the distribution of the data, which make them especially suitable in such situations. This paper presents a new method to detect differentially expressed genes based on non-parametric density estimation by a class of functions that allow us to define a distance between individuals in the sample (characterized by the coordinates of the individual (gene) in the dual space tangent to the manifold of parameters) [A. Miñarro and J.M. Oller, Some remarks on the individuals-score distance and its applications to statistical inference, Qüestiió, 16 (1992), pp. 43 57]. From these distances, we designed the test to determine the rejection region based on the control of FDR

Avaluació continuada a Disseny Experimental i Anàlisi de Dades mitjançant qüestionaris generats amb R i importats a Moodle

Projecte 2015PID‐UB/032En aquest projecte hem incidit en la potencialitat del paquet exams de R per tal de dissenyar la gran majoria de les activitats on-line obligatòries i implementar-les mitjançant la plataforma Moodle de l’assignatura de Disseny Experimental i Anàlisi de Dades (DEAD, per abreujar) que és una assignatura troncal de quart curs a tots els graus de la Facultat de Biologia. Per una part, amb l’ús d’exams, es pot crear un informe reproduïble amb R i Latex que produeix moltes variants de qüestionaris, cadascuna amb diferents dades associades. Per altre, el grau de complexitat és elevat degut a les tècniques estadístiques avançades com diferents dissenys d’experiments, models de regressió, etc. Per tant, aquestes activitats tenen dues components essencials: individualització i acreditació automàtica. Això comporta que l’aprenentatge continuat de l’alumne sigui fluid i personalitzat sense produir un col·lapse al professor. Segons els resultats dels indicadors avaluats, els objectius proposats de creació de material s’ha assolit satisfactòriament però l’ús per part dels estudiants d’aquestes activitats durant el curs ha sigut dispers

Projecte 2014PID‐UB/021

En aquest projecte hem explorat les funcionalitats del paquet exams de R per tal d’implementar activitats individualitzades en Moodle. El mòdul exams permet incorporar en el banc de Moodle diferents tipus de preguntes, les més senzilles i habituals són les numèriques i les multichoice, si bé pels propòsits d’aquest projecte destaquen especialment les cloze. L’avantatge principal d’utilitzar exams en lloc de redactar directament les preguntes des del propi Moodle és que una mateixa pregunta amb exams pot tenir moltes variants, cadascuna amb diferents dades associades. Un cop s’integra la pregunta en un qüestionari del campus, aquest subministra aleatòriament a cada estudiant una d’aquestes variants corregint automàticament les respostes. El projecte tenia un perfil principalment exploratori de les capacitats d’exams però hem avançat força en el seu maneig de forma que hem pogut proposar als alumnes cinc activitats. No hem apreciat problemes tècnics rellevants, la participació dels estudiants ha resultat majoritària i molt satisfactòria tenint en compte el seu caràcter voluntari. La nostre conclusió és que aquesta tecnologia resulta molt eficient per dotar a qualsevol curs d’Estadística d’activitats individualitzades sota el paraigües Moodle. Estem disposats en un proper projecte PMID a dissenyar amb exams totes les activitats on-line obligatòries de l’assignatura

Pràctiques d'estadística individualitzades integrant R+exams+Sweave en el banc de preguntes Moodle

Projecte 2014PID‐UB/056En aquest projecte hem utilitzat el paquet “exams” de R per tal d’implementar les pràctiques de les assignatures Estadística de primer curs dels graus de Bioquímica, Biotecnologia, CC. Biomèdiques i Estadística. Les pràctiques d’aquests graus havien utilitzat fins el curs passat un aplicatiu desenvolupat en Java pel propi grup. L’experiència adquirida utilitzant exams en un projecte d’innovació PMID a l'assignatura Disseny d'Experiments de quart curs del grau de CC Biomèdiques ens va animar a substituir la nostre anterior plataforma per la combinació “exams” i Sweave per tal de dissenyar una col·lecció de preguntes individualitzades (una mateixa pregunta pot tenir moltes variants, cadascuna amb diferents dades associades). La col·lecció de preguntes s’importa al banc de preguntes de Moodle i després s’integren en qüestionaris del campus. El campus virtual s’encarrega de subministrar aleatòriament a cada estudiant una d’aquestes variants i de corregir automàticament les respostes. Seguint aquesta tecnologia s’han confeccionat una vintena de qüestionaris equivalents en prestacions i facilitat d’ús a les activitats on-line dels projectes tradicionals Statmedia. Aprofitant el canvi tecnològic s’han revisat els continguts de totes les pràctiques. Els avantatges respecte a la situació anterior són: 1) Sweave és molt conegut entre els usuaris de R i facilita la creació i modificació de les pràctiques per part dels professors “creadors” de material, 2) la gestió d’usuaris, terminis d’activitats i notes queda resolta pel propi campus virtual i simplifica notablement la tasca d’administració dels professors del grup d’innovació Statmedia. Els estudiants han realitzat les pràctiques i complimentat els formularis sense incidències remarcables malgrat el doble canvi de tecnologia i de continguts. El resultat global ha estat molt satisfactori i estem disposats en un proper projecte PMID a dissenyar amb exams totes les activitats on-line dels cursos que imparteixi el grup.Projecte 2014PID‐UB/05

Biblioteca d'aplicacions Shiny en assignatures introductòries d'Estadística

Projecte 2016PID-UB/020L’assignatura d'Estadística és una assignatura de primer cicle a molts plans d'estudis de la UB. En el cas de la Facultat de Biologia, els plans d’estudis dels graus de Bioquímica, Biotecnologia, Ciències Ambientals, Ciències Biomèdiques i Biologia inclouen una assignatura d’Estadística troncal a primer curs amb plans docents equivalents. Des de 2014 es va iniciar una migració per usar R enlloc del programari Java desenvolupat pel grup Statmedia per les dificultats creixents en l’ús dels applets de Java. R és un llenguatge i entorn de programació per l'anàlisi estadístic i gràfic, de software lliure i multi-plataforma que s’ha estes el seu us tant a nivell acadèmic com en la majoria d’àmbits de recerca, per més informació https://www.r-project.org/. Aquest llenguatge es basa en paquets que tenen funcionalitats diferents i que són creats per la comunitat. El paquet Shiny crea un entorn web per a facilitar la visualització dels programes fets en R, per més informació http://shiny.rstudio.com/. Estadística és una assignatura de primer cicle on es presenten els conceptes bàsics de probabilitat i estadística. El nostre projecte planteja crear una biblioteca d'aplicacions Shiny per tal d’ajudar a visualitzar els conceptes bàsics de probabilitat i estadística, facilitant per tant la seva comprensió. Es farà servir tant a les classes magistrals com per fomentar l'aprenentatge autònom atès que els alumnes tindran tot el material on-line a lliure disposició

A two-question tool to assess the risk of repeated falls in the elderly

Introduction Older adults' perception of their own risk of fall has never been included into screening tools. The goal of this study was to evaluate the predictive validity of questions on subjects' self-perception of their own risk of fall. Methods This prospective study was conducted on a probabilistic sample of 772 Spanish community-dwelling older adults, who were followed-up for a one year period. At a baseline visit, subjects were asked about their recent history of falls (question 1: 'Have you fallen in the last 6 months?'), as well as on their perception of their own risk of fall by using two questions (question 2: 'Do you think you may fall in the next few months?' possible answers: yes/no; question 3: 'What is the probability that you fall in the next few months?' possible answers: low/intermediate/high). The follow-up consisted of quarterly telephone calls, where the number of falls occurred in that period was recorded. Results A short questionnaire built with questions 1 and 3 showed 70% sensitivity (95% CI: 56%-84%), 72% specificity (95% CI: 68%-76%) and 0.74 area under the ROC curve (95% CI: 0.66-0.82) for prediction of repeated falls in the subsequent year. Conclusions The estimation of one's own risk of fall has predictive validity for the occurrence of repeated falls in older adults. A short questionnaire including a question on perception of one's own risk of fall and a question on the recent history of falls had good predictive validity

Pain and recurrent falls in the older and oldest-old non-institutionalized population

Background: Recurrent falls represent a priority in geriatric research. In this study we evaluated the influence of pain as a risk factor for recurrent falls (two or more in 1 year) in the older (65-79 years) and oldest-old (80 or more years) non-institutionalized population. Methods: Prospective cohort study. 772 non-institutionalized individuals with ages of 65 years or older (with overrepresentation of people aged 80 years or older [n = 550]) were included through randomized and multistage sampling, stratified according to gender, geographic area and habitat size. Basal evaluation at participant's home including pain evaluation by Face Pain Scale (FPS, range 0-6) and then telephonic contact every 3 months were performed until complete 12 months. Multivariate analysis by logistic regression (recurrent falls as outcome variable) for each age group (older and oldest-old group) were developed considering pain as a quantitative variable (according to FPS score). Models were adjusted for age, gender, balance, muscle strength, depressive symptoms, cognitive decline, number of drugs and number of drugs with risk of falls. Results: 114 (51.35%) and 286 (52%) participants of older and oldest-old group, respectively, reported pain; and recurrent falls occurred in 6.93% (n = 12) of the older group and 12.06% (n = 51) of the oldest-old group. In the older group, pain was associated with recurrent falls, with an associated odds ratio (OR) of 1.47 (95% CI 1.08-2.00; beta 0.3864) for each unit increase in pain intensity (thus, participants with the most severe pain [FPS 6] had OR of 10.16 regarding to participants without pain [FPS 0]). In the oldest-old group, pain was not associated with recurrent falls. Conclusions: Pain, a potentially modifiable and highly prevalent symptom, is a risk factor for recurrent falls in the older people (65-79 years). However, we have not been able to demonstrate that this relationship is maintained in the oldest-old population (80 or more years). Keywords: Oldest-old people, Falls, Risk factor